La période de son Imamat a coïncidé avec la période la plus révolutionnaire et la plus fertile en événements de l'histoire musulmane, la période où l'on a assisté à la chute de l'Empire omayyade et à la montée de la dynastie abbasside.
A cause de la faiblesse des gouvernements, l’Imam al-Sâdiq (AS) avait une bonne opportunité pour faire l’activité scientifique. Cette occasion n’existait que dans la troisième décennie du deuxième siècle de l’Hégire. Mais, avant ceci, à l’époque des Omeyyades et après cela (à l’époque des Abbassides) l’Imam (AS) et ses partisans étaient sous une grande pression par les gouvernements.
Sous l’Imamat du 6e Imam (AS), les conditions de diffusion des sciences islamiques furent donc encore plus propices. Non seulement le contexte politique était favorable, mais par ailleurs, suite aux efforts de publications des hadiths du cinquième Imam (AS) et de ses élèves pendant son imamat de vingt ans par la propagation des enseignements véritables de l'Islam et des sciences de la famille du Prophète, les gens avait pris conscience de leurs besoins en connaissances islamiques et attendaient d’autres « récits » concernant les « gens de la Maison ».
L’Imam Ja’afar al-Sadiq (AS) se mit à diffuser les sciences religieuses et des textes islamiques. Les étudiants et les savants venaient de tous le coin pour l’interroger au sujet des sciences islamiques, de l’histoire des prophètes, des Imams, de la philosophie… Celui-ci discutait avec diverses catégories sociales. Il a également discuté avec les représentants de différentes nations et religions.
Les élèves et narrateurs de hadiths de l’Imam al-Sâdiq (AS) furent 4000 personnes environs.
La plupart des hadiths chiites furent rapportés par l’Imam al-Sâdiq (AS) et pour cette raison, l’école chiite aussi connue sous le nom de chiite Ja’farî ou de l’école Ja’farî.
Pendant toute sa vie et à toute heure, en cachette ou en public, l’Imam enseignait les vérités de l’Islam et mettait son savoir et sa culture à la portée de tous. En d'autres termes,on peut dire que ses discours et ses conseils inestimables ébranlèrent les murs de l’ignorance et du mensonge, refondant la véritable doctrine du Saint Prophète (saww).
Mais vers la fin de sa vie, l'Imam fut soumis à de sévères restrictions de la part du calife Abbasside, al Mansûr, qui ordonna de torturer et d'assassiner beaucoup de descendants du Prophète qui étaient chi’ites.
Finalement, Mansûr prit la décision d’agir selon la tradition Omeyyade consistant à tuer l’Imam l’époque !
Il ordonna que l’Imam (AS) soit empoisonné. Donc, Ja’far al-Sadeq mourut, le 25 Chawal de l’an 148 de l’Hégire en Martyre comme les autres Imams. il était âgé de 65 ans.
L’Imam Sâdeq (AS) fut enterréa à Médine dans le cimetière du Baqi’ê en laissant la grande responsabilité de la direction spirituelle de la communauté musulmane à l’Imam Moussa El Kâzem (AS).